Além da consistência e o sabor, a principal diferença entre a margarina e a manteiga é que a manteiga é de origem animal e a margarina de origem vegetal. Ambas em grande quantidade fazem mal para sua saúde, pois são gorduras de qualquer forma, mas a gordura da manteiga é melhor (a gordura tem sua função em nosso organismo e é essencial para que nosso corpo funcione bem). Não farei uma super matéria sobre a manteiga e a margarina, até porque você pode encontrar em fontes confiáveis do Google, mas vou dar minha opinião (baseada na prática) sobre o assunto.
Para a culinária a manteiga (na maioria das vezes sem sal), é muito utilizada. Já a margarina sem sal serve para enrolar brigadeiro, devido ao preço mais alto da manteiga (porém ainda prefiro a manteiga também para enrolar!). A função da manteiga na gastronomia é emprestar brilho e sabor e ajudar na consistência da receita (em certas receitas serve também para dar liga). Tanto a manteiga como a margarina, tem pontos fortes e fracos, mas para a cozinha aposte sempre na manteiga sem sal que não tem erro!